Kháng chiến bắt đầu, Trần Huy Liệu "lặn" dần trong các công việc của Quốc hội, mà tờ "Toàn dân kháng chiến", đi cổ động thuế nông nghiệp, truyền bá văn hoá cứu quốc. Năm 1953, "bỗng nhiên" ông được bổ nhiệm sáng lập Ban Nghiên cứu Sử - Địa – Văn ở Tân Trào; kéo Cao Xuân Huy, Lê Thước, Đào Duy Anh, Trần Đức Thảo về làm việc; đào tạo Nguyễn Công Bình, Văn Tạo vào nghề. Nhiều người giải thích việc Trần Huy Liệu rời chính trường để làm khoa học do không thích hợp với lãnh đạo, do bị kỷ luật vì lấy vợ hai là con dâu một "đối tượng". Mới đây, trên An ninh thế giới cuối tháng, nhà thơ Cù Huy Cận, người cùng phái đoàn vào Huế tước ấn kiếm Bảo Đại cuối tháng 8/1945, khi trả lời phỏng vấn đã nói về cuộc hôn nhân lần sau của Trần Huy Liệu. Đại ý: ông gặp bà này trong lần vào Huế ấy, rồi làm thế nào đó mà mang ra Hà Nội được để rồi thành vợ chồng…
Sự thực thế nào ? Căn cứ vào hồi ký (đã xuất bản), hơn 20 quyển nhật ký đang lưu trữ tại Viện Sử học và những gì đã chứng kiến, nghe lại về Trần Huy Liệu, tôi thấy cần phải nói lại một phần về những gì đã diễn ra (hy vọng nói lại được "toàn phần" sau này). Đã có những biến cố thật lớn, thật quan trọng đến với ông trong giai đoạn 1946-1954 – mà cuộc gặp gỡ bà vợ hai chỉ là một, nó lý giải vì sao Trần Huy Liệu trở thành người làm khoa học.
Trước tiên là về người phụ nữ sau này trở thành vợ hai Trần Huy Liệu. Bà tên là Nguyễn Thị Hy, sinh năm Quý Sửu (1913) nên gọi là Sửu. Thân sinh bà là cụ Ôn như Nguyễn Văn Ngọc, nhà văn hoá dân gian, tác giả Tục ngữ phong dao, Truyện cổ nước Nam,Nam thi hợp tuyển, Đào nương ca… và cùng viết chung Quốc văn giáo khoa thư, Cổ học tinh hoa… Khi Tây học tràn vào mạnh mẽ, cụ Ngọc có xu hướng khảo cứu để bảo tồn những giá trị dân tộc. Nhà sách Vĩnh Hưng Long, thư quán của cụ Ngọc, có cô con gái - được coi là người đẹp phố Hàng Đường - đứng bán sách, khiến nhiều chàng trai tới mua, nhiều khi chỉ xem ngòi bút, lấy cớ làm quen. Trong số này có Trần Huy Liệu không ? Chẳng có gì khẳng định là không. Nhưng ông không thể là "người yêu cũ" của bà Nguyễn Thị Hy như có người nói, vì đã có vợ ở quê từ rất lâu. Thân phận hai người lúc này cũng cách biệt quá. Bà là con nhà quan lại, gia giáo, lại đã có người sêu Tết…
Cụ Nguyễn Văn Ngọc có người đồng hương, đồng khoa là học giả Thượng Chi, bấy giờ là Chủ bút kiêm Chủ nhiệm tạp chí Nam Phong, hẹn gả con cho nhau. Khi học giả Thượng Chi vào Huế làm Thượng thư Bộ Học, bà Hy vào đó làm dâu. Giai đoạn nồng ấm không lâu vì ông chồng lấy bà hai. Năm 1943, không chịu cánh chồng chung, bà Hy đem hai con ra Hà Nội sống tự lập. Như vậy khi Trần Huy Liệu vào Huế năm 1945 không thể có chuyện gặp bà Nguyễn Thị Hy.
Sau tháng Tám năm 1945, tình hình Hà Nội hết sức phức tạp. Xung đột giữa các lực lượng xayra thường xuyên, đe doạ tính mạng những người ở các cương vị thách thức. Cơ quan nào cũng thu xếp chỗ ở ban đêm ở ngoại thành cho cán bộ. Nhà cụ đốc Ngọc để lại cho mấy chị em bà Hy ở ấp Thái Hà là địa điểm cho nhóm Văn hoá cứu quốc. Trước năm 1945, đây đã là chỗ đi về của ông Trần Quốc Hương (Mười Hương), sau này là Bí thư Thành uỷ Hà Nội và TP.HCM. Trần Huy Liệu, vốn là một đảng viên Quốc dân đảng thời Nguyễn Thái Học. Nguyễn Khắc Nhu, càng chịu sự thâm thù của đám viên chức thích bạo lực dưới quyền Nguyễn Hồng Khanh, Nguyễn Hải Thần… Cùng Văn Tân, Xuân Thuỷ, Nguyễn Đình Thi… ban ngày ở nhiệm sở trong nội thành; ban đêm về ấp Thái Hà trú ngụ. Tình cảm bắt đầu nảy nở giữa ông Bộ trưởng Việt Minh với con dâu cũ cụ Thượng Chi, nhưng có rất nhiều lý do để phải kìm nén. Cái việc phải đến chỉ đến sau này, khi bà Hy tản cư lên Lập Thạch, Vĩnh Phúc. Họ có với nhau hai con, những đứa con còi cọc, ghẻ lở vì điều kiện cuộc sống kháng chiến quá kham khổ.
Bên kia Tam Đảo, ở Đại Từ, Thái Nguyên là gia đình lớn. Trần Huy Liệu, ngoài các chuyến công tác liên miên, thường đi lại giữa hai "trụ sở" là Văn phòng Quốc hội, bà cả và bà hai. Tất nhiên bà cả không thể chấp nhận, và "trên" cũng thấy phiền lòng. Ông phải trả giá, xa dần những vị trí xung yếu trong bộ máy. Và ông cũng không thể bỏ gia đình bé nhỏ, phần vì tình yêu với bà Hy, phần vì hai đứa con còn bập bỗng. Sự đau khổ, căng thẳng triền miên cho đến khi ông mất năm 1969.
Trần Huy Liệu không phải là người được trang bị vốn học một cách có hệ thống. Ông chỉ có lòng say mê quốc sử, tinh thần "mọt sách", chỗ nào cũng học được, mỗi lần ở tù là một lần được "chuyên tu" lớn. Chữ Nho giỏi nức tiếng trong vùng, nhưng ở khoa thi cuối cùng năm 1915 thì lăn ra ốm. Trong tù, tự học tiếng Pháp qua Larousse, dù được gọi là "từ điển sống", sau này ông cũng chỉ đọc được sách, còn nói và nghe không chảy. Nhưng chắc chắn là trong tử vi ông, nghiệp đèn sách là phần lớn nhất, nghiêng về dòng chảy quá khứ. Những tác phẩm "kể lại lịch sử" đầu tiên là Anh hùng khứ quốc, Ông Nạp Nhĩ Tốn (Nellson) – 1927, Một bầu tâm sự - 1927, Thái Nguyên khởi nghĩa (Loạn Thái Nguyên) – 1935. Ở Côn Đảo, ông tâm sự với Ngô Gia Tự về mộng làm sử. Thời mặt trận Dân chủ Đông Dương, Giám đốc Sở Mật thám Đông Dương Granjean nhìn thấy "xu hướng gì đó" trong Trần Huy Liệu, đã đề nghị ông thôi làm báo để nhận một chân tại Viện Đông Bác Cổ. Hoạt động cách mạng, Trần Huy Liệu không thể cứ rung đùi trước tác, nhưng vẫn bị chí lập ngôn, trước thư giày vò.
Số phận đẩy Trần Huy Liệu dần xa khỏi chính trường, có lẽ đầu tiên nằm ở tính cách quá độc lập. Trước khi thành người Cộng sản, ông đã có danh phận, tham gia nhiều trào lưu dân tộc như Thanh niên, Quốc dân dảng, theo đòi các chí sĩ nổi tiếng. Sau giai đoạn gian khó, tù đày, đến lúc có chức vụ nhà nước, ông lại không dễ hoà nhập. Ông luôn nói thẳng, nói ngay ý kiến mình. Có một chuyện mà ít người biết, cho thấy tính cách Trần Huy Liệu và sự lịch lãm, tầm nhìn của lãnh tụ Hồ Chí Minh. Một trưa mùa hè năm 1946, Trần Huy Liệu đi vào phòng Chủ tịch ở Bắc Bộ Phủ. Vừa bỏ chiếc mũ cát ra, ông "nổ" ngay về việc tại sao chúng ta cứ tỏ thiện chí hoà bình mãi khi bọn thực dân ngày một lấn tới như thế. Cơn tức kéo dài mươi phút. Cụ Chủ tịch không nói một lời nào, chỉ đứng dậy… sửa lại chiếc cravat cho Trần Huy Liệu. Rồi Trần Huy Liệu nguội xuống, lại chụp mũ cát lên đầu, đi ra…
"12/9/1952. Nhận tin báo của Đảng đoàn chính quyền báo đến trạm Thống Nhất tìm địa điểm chỉnh huấn. Trong một bức thư viết cho Sửu hôm nay, mình viết: "Mình cảm thấy một biến thiên sắp đến với đời mình" (Nhật ký). Cuộc chỉnh huấn đó thật quyết liệt. Ai nấy đều phải tìm ra khuyết điểm, lật đi lật lại cho đến khi được đoàn thể chấp nhận. Có cán bộ ngoài năm mươi còn khóc rưng rức vì kiểm thảo bị đánh trượt hai ba lần. Tổng kiểm thảo của Trần Huy Liệu "đỗ" ngay, được đánh giá tốt vì mức độ chân thực, chi tiết và các vấn đề nêu ra khi nhận sai điều này, nhất định không nhận điều kia. Nói chung ông luôn tự bảo vệ được tiết tháo, cái mà các nhà Nho rất trọng. Nhưng cái được lớn nhất là ông đã "bóc trần" tình trạng của mình cho Trung ương thấy, đặng xin làm công tác viết sử, thấy đó là hợp hơn cả (Nhật ký). Lúc này ông đã có chút tự tin về nghề nghiệp: khoảng năm 1950, cuốn "Sơ thảo lịch sử cách mạng cận đại Việt Nam" in trên giấy dó tại Việt Bắc đã đem lại những nhận xét tích cực.
Vậy là vào lúc ngoài 50 tuổi, Trần Huy Liệu bắt đầu hành chí lập ngôn trên địa hạt mới. Vừa nghiên cứu, trước thuật, ông vừa phải xây dựng "quốc sử quán" của thời đại mình. Nghiệp sử - nhất là cổ sử, rất cần tinh thần dân tộc, cái mà nhà cách mạng Trần Huy Liệu quá đầy đủ.
Càng có tuổi, sự bắt đầu càng khó. Đường mới không phải chỉ thênh thang, không có khúc gập ghềnh, nhưng là con đường ông tự vạch. Tự tin, tự sở cậy, mình làm mình chịu…
